En nuestros catálogos contamos hasta el momento con:

• 1912 invertebrados fósiles de varios niveles geológicos entre lo que destacan el Devónico-Carbonífero, Jurásico y Cretácico de la Cuenca Oriente, y Holoceno y Pleistoceno de la Península de Santa Elena.
• 2233 fósiles de plantas entre los que predomina material colectado en los yacimientos Miocénicos de Azogues, Azuay y Loja, y
• 6377 fósiles de vertebrados principalmente del Mioceno y Pleistoceno de los Valles Interandinos y la Península de Santa Elena, y 399 Icnofósiles, principalmente de Pleistoceno de Manabí y el Callejón Interandino.​.

Dentro de la Colección, cada una de las piezas se encuentra marcada con su número de catálogo, guardada sus respectivas cajas de cartón, contando de esta manera con catálogos escritos y digitales para el mejor manejo de la información.

La sección de Paleontología cuenta además con una colección de Anatomía Comparada, muy útil para los trabajos de comparación con las piezas fósiles y para cuya preparación de especímenes se utilizan derméstidos (escarabajos carroñeros).

Ordenamiento en las colecciones

Las Colecciones Paleontológicas se encuentran organizadas taxonómicamente, una segunda organización de acuerdo a las edades geológicas presentes y al final y dentro de la anterior una tercera organización anatómica.​

Monitoreo de la Colección

El control y mantenimiento de las colecciones se realiza paulatinamente varias veces al año, en base al respectivo plan de manejo.​

Préstamos de material

Para trabajos de tesis: se autoriza la revisión de material paleontológico específico, previa la presentación de una carta tanto del alumno como del director de tesis, acompañada además de la aprobación del respectivo plan de Tesis. Adicional se señalan las fechas y el estudiante puede disponer de un lugar y el material para trabajar. Para revisiones de material se debe presentar una carta de intención del investigador y una planificación de las fechas a utilizar. ​