La sección estudia las poblaciones de peces y organismos que habitan en los sistemas hídricos ecuatorianos. Mantiene una de las colecciones más importantes de Sudamérica, y a la vez, en base a las investigaciones realizadas, produce publicaciones de interés científico e industrial.

La permanente intervención del ser humano sobre los ecosistemas acuáticos atenta significativamente sobre las casi mil especies continentales que existen en el Ecuador.

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Para aprovechar adecuadamente este recurso es necesario describir y catalogar la riqueza íctica que poseemos