El conocimiento de la fauna de mamíferos que habita en el Ecuador, su diversidad, distribución geográfica y conservación, son los objetivos de esta sección. La sección preserva una importante colección de ejemplares provenientes de todas las regiones del país. Además ha generado numerosas publicaciones como resultado de los proyectos de los investigadores y voluntarios que trabajan en esta unidad.

El monitoreo de las poblaciones de los grandes mamíferos es una actividad que contribuye a diagnosticar la salud de los ecosistemas y las posibilidades de supervivencia de las especies.

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El estudio de los mamíferos menores todavía genera grandes expectativas pues en los últimos años se han descubierto varias especies, sobre todo en áreas con gran presión humana sobre los bosques.