La sección de Herpetología del MEPN se dedica a las investigación de anfibios y reptiles. Ecuador es un país megadiverso, posee alrededor de mil especies de anfibios y reptiles, con la mayor abundancia de ranas y sapos por unidad de área de la región y la mayor abundancia de reptiles por unidad de área del mundo. Nuestro objetivo principal es contribuir a la investigación científica de de la herpetofauna ecuatoriana. La colección de Herpetología consta de aproximadamente dieciséis mil especímenes y es la segunda colección de herpetología más grande del país. En el museo de herpetología MEPN realizamos investigaciones relacionadas a taxonomía, comportamiento, genética de poblaciones y bioacústica de anfibios y reptiles.​ Los estudios herpetológicos se han orientado principalmente a la descripción y distribución de la herpetofauna ecuatoriana. En este proceso se han descrito muchas especies nuevas.